Nació en Chillán en 1832, en la familia formada por Manuel Lagos y Jara Quemada, y Rosario Marchant. Debido a que su casa quedó en ruinas por el terremoto de 1835 que destruyó esa ciudad, su familia se trasladó al campo. Pedro fue el primogénito de 15 hermanos y con una débil posición económica inició sus estudios en la primera escuela fundada en Chillán Nuevo y, luego los prosiguió en el colegio fundado por el español José Martínez. A la edad de 14 años (1846) ingresó a la Escuela Militar, donde obtuvo, en febrero de 1847, el grado de cabo primero.

La acción más destacada de Pedro Lagos, por su astucia estratégica y su valentía, fue la Campaña de Arica con la Toma del Morro, hecho que ocurrió el 7 de junio de 1880. El general Baquedano le encargó el plan de captura de esta ciudad, y Lagos planificó el asalto con un contingente de 4.000 infantes, dividos en tres grupos. Los blancos eran el fuerte del Este, el fuerte Ciudadela y finalmente El Morro.

La derrota de los defensores de los fuertes inferiores fue rápida, solo quedaba en manos peruanas El Morro, con su defensa de Cerro Gordo.

La idea de Lagos era esperar al regimiento Buin en el fuerte Ciudadela, sin embargo, según se cuenta, alguien no identificado habría gritado "¡Al Morro, muchachos!", provocando el asalto en masa. Esta acción, en total -desde que se tomaron los fuertes inferiores hasta alcanzar la cima del Morro- demoró 55 minutos. La hazaña se había realizado heroicamente. Lagos no solicitó más municiones que las suficientes para una hora y media de combate.

Pedro Lagos tuvo además una valiosa participación en la Campaña de Lima, donde se batió en las batallas de Chorrillos y Miraflores, después de las cuales ascendió a coronel. En marzo de 1881 fue nombrado comandante en jefe del Ejército de Ocupación, en reemplazo de Baquedano. El 18 de junio de 1881, el Senado lo nombró general de brigada, siendo integrado en la Comisión Calificadora de Servicios. Finalmente, recibió el cargo de comandante general de Armas de Santiago, el 23 de noviembre de 1881.

Falleció el 18 de enero de 1884, en la ciudad de Concepción.